La época medieval se caracterizo por el surgimiento de filósofos cristianos, quienes intentaron acomodar la idea de la Physis a la de Dios. Es decir que para ellos la physis es la creación. La doctrina cristiana se constituyo por dos dogmas principales, el dogma trinitario, en el cual en Dios hay una sola sustancia en tres personas distintas y el dogma cristológico, que distingue una sola persona, Cristo, como hombre y Dios perfecto, unión de las dos naturalezas divina y humana.

En esta época se tomaron las mismas categorías metafísica griegas y se adecuaron al cristianismo, por lo que es criticada por ser una época oscura para la filosofía.

Para los escolásticos medievales el objeto propio de la metafísica fue un motivo de gran preocupación y se ocuparon en gran medida de las relaciones entre la metafísica y la teología. Agustín de Hipona reconcilia el pensamiento platónico con el dogma cristiano, esta obra se resume en la sentencia de “cree para entender”, pues la verdad buscada por la filosofía era Dios, y su acción intelectual quien es Cristo. En ontología San Agustín identifico a Dios con Ser, por ser el la identidad, la esencia. Dios es para el la inteligencia que contiene las ideas de las cosas del mundo sensible, esto significa que todas las cosas son obra e inspiración del El.

En la época medieval cabe destacar dos corrientes contrarias, el realismo y el normalismo, que intentaban dar respuesta a la pregunta sobre los universales. Los realistas pensaban que lo universal existe como una sola cosa, y que la existencia de las cosas estaba premeditada por la existencia de los universales. El más importante realista fue Santo Tomás de Aquino. El describió la metafísica como “la ciencia de la verdad, no de cualquier verdad, sino de aquella verdad que es el origen de toda la verdad, esto es, que pertenece al primer principio por el cual las cosas son. La verdad que pertenece a tal principio es, evidentemente, la fuente de toda la verdad” (Contra Gent., I, 1,2). Esto da como resultado que Dios sea el objeto de la metafísica y a la vez sea el estudio de el ser o el ente, lo que da a pensar en una subordinación ante la teología por parte de la física, que es justificada por Santo Tomás por un acuerdo fundamental entre estos dos que dan como resultado la metafísica. Para Santo Tomás el propósito de la metafísica era el conocimiento de Dios a través de los seres finitos sensibles.

Los nominalistas, al contrario, consideraban los universales como irreales y abstracciones del pensamiento, pues para ellos pensar en la realidad de los universales era limitar la inteligencia y el poder de Dios.

El principal nominalista fue Guillermo de Ockham, quien considero a los universales como meros instrumentos del lenguaje que tomaban el lugar de las cosa cuando se hablaba de ellas. Lo universal eran simples términos para designar las cosas.